Игра является приквелом Deus Ex, её действие разворачивается в 2027 году, за четверть века до событий оригинальной игры. Главный герой Адам Дженсен — начальник службы безопасности детройтской компании «Шариф Индастриз», одного из ведущих мировых производителей механических имплантатов для людей. Его подруга Меган Рид — ученый, чьи работы обещают победить отторжение имплантированных устройств, сделав их доступными для всех и преодолев негативное отношение общества к имплантатам. Иллюминатам это не по-нраву и они поручают Тиранам, группе элитных наемников компании Бэллтауэр, устроить нападение на штаб-квартиру «Шариф Индастриз», с целью сорвать выступление в конгрессе. В ходе нападения участники проекта: Эрик Косс, Ниа Колвин, Деклан Фаэрти, Василий Шевченко и Меган Рид считаются погибшими, а Адам оказывается на грани смерти: его избили, бросили через бронированное стекло и выстрелили в голову. Для сохранения жизни и последующего расследования, по поручению Дэвида, Адаму вживляют имплантаты: искусственные глазные яблоки, мозговой чип, подкожную броню «Кожа Носорога», механические руки и ноги.