События игры не происходят сразу после событий из «Halo 2». Комикс «Halo: Uprising» расскажет, что случилось между играми. В начале игры, Мастер Чиф находится на Земле, где лояльные Ковенанты (бруты, ворчуны и шакалы), под предводительством Пророка Истины, разрушают большую часть поверхности планеты. Корабли Ковенантов висят над огромными раскопками неподалёку от руин Нью-Момбасы, где был обнаружен огромный артефакт. Мастер Чиф, вместе со Старшим-сержантом Джонсоном и Ковенантским Еретиком — Арбитром, продвигаются через джунгли к заставе Космического Командования Объединённых Наций (ККОН). По пути, Мастер Чиф начинает получать загадочные сообщения от Искусственного Интеллекта — Кортаны. Вскоре после прибытия на заставу, Ковенанты начинают штурм базы. После короткой битвы, в ходе которой застава оказывается уничтожена, Мастер Чиф получает приказ от Капитана Миранды Кейз (дочери капитана Кейза из первой игры) и лорда Худа очистить путь к африканскому городу Вой, а также уничтожить всю зенитную оборону ковенантов для предстоящей атаки на Пророка Истины (Prophet of Truth) и Артефакт. После того как Мастер Чиф и Арбитр уничтожают оборону, Пророк Истины активирует артефакт и создаёт огромный портал, через который уходят все корабли Ковенантов. Пока люди раздумывают что делать, из гиперпространства выпрыгивает ковенантский корабль, управляемый Потопом, или Флудом , и быстро распространяется по всему городу.