После долгих лет борьбы союзники (Allies) находятся на грани победы. Руководство Советского Союза решает вернуться назад во времени и устранить Альберта Эйнштейна, прежде чем он создаст технологии, которые приведут Allies к победе. После успешного выполнения задуманного, союзники ослабили свои позиции в настоящий момент. Но прежде чем праздновать победу, руководство Советского Союза узнало, что они своими действиями породили опасную угрозу и глобальную сверхдержаву в лице империи Восходящего Солнца с их передовыми технологиями, которая специализируется в морских сражениях. В игре все три фракции имеют свою одиночную компанию. Также доступны кооперативные миссии в одиночной компании направленные только на координацию атак и разработку стратегий с союзником. Вы можете сыграть как с друзьями, так и командирами под управлением компьютера, каждый из которых имеет свой стиль игры и особенности. В Red Alert 3 океаны играют важную роль. В них сосредоточены основные ресурсы и много юнитов являются подобными земноводным животным. Также в третьей части будет много юнитов из предыдущих игр этой серии. Для удобства игрокам Xbox 360 разработчики сделали систему CommandStick 2.0. Эта система является модернизацией интерфейса CommandStick использованного в Command & Conquer 3 Kane's Wrath.